Nach Zöllers Tod wurde ab Januar 1996 die Bibliothekarin Barbara Kindschus, die bisher Vorsitzende der SPD-Fraktion in der Gemeindevertretung war, als erste Frau Bürgervorsteherin in Flintbek. Die SPD-Fraktion bestand auch zu dieser Zeit etwa je zur Hälfte aus Frauen und Männern. Als vorherige Finanzausschussvorsitzende behielt Kindschus auch im neuen Amt die Gemeindefinanzen im Auge. Leider ist sie nach nur 21 Monaten in diesem Amt im September 1997 plötzlich verstorben. Ihr folgte als Bürgervorsteher der Diplomingenieur Berndt Newe, bisheriger SPD-Fraktionsvorsitzender in der Gemeindevertretung und bereits seit zehn Jahren Vorsitzender des SPD-Ortsvereins Flintbek. Seine Frau Inge Newe war zu der Zeit Mitglied im Kreistag von Rendsburg-Eckernförde.
Den Vorsitz im SPD-Ortsvereinsvorstand führte seit Ende der 1990-Jahre erstmals auch eine Frau: Karina Gloyer-Köpke. Sie versuchte den Mitgliederrückgang seit Mitte der 1990-er Jahre durch neue Impulse in der Partei von 150 auf unter 120 zu stoppen. Sie organisierte Veranstaltungen zu gesellschafts- und sozialpolitischen Themen und förderte Diskussionen und Meinungsbildung mit modernen Kommunikationsabläufen. Ihr Mann Detlef Köpke war zeitweise Mitglied im Landesvorstand der SPD Schleswig-Holstein, kehrte 1998 in die Kommunalpolitik als SPD-Fraktionsvorsitzender der Gemeindevertretung Flintbek zurück. Der Diplom-Ingenieur war besonders diskussionsfreudig und bekannt für verbalen Schlagabtausch mit den politischen Gegnern. Seine Fraktion nahm er in die Pflicht zur korrekten Arbeit nach sozialdemokratischen Grundsätzen. Den Ortsvereinsvorsitz von Karina Gloyer-Köpke übernahm 1999 der Jurist Norbert Bövingloh, den er bis 2004 innehatte. Später war die langjährige „Parteisoldatin“ Dörte Zander, seit 20 Jahren in der Kommunalpolitik, schon länger aktiv für die Arbeitsgemeinschaft sozialdemokratischer Frauen in Flintbek und im Ortsvereinsvorstand, für zwei Jahre bis 2007 Ortsvereinsvorsitzende. Beide konnten den Mitgliederrückgang, inzwischen auf ca. 80, nicht aufhalten.
Für die bisher von der Gemeindevertretung gewählten Bürgermeister/innen war inzwischen die Direktwahl durch das „Wahlvolk“ auf Betreiben der SPD gesetzlich in Schleswig-Holstein eingeführt worden. Die erste Direktwahl sollte in Flintbek im Jahr 2000 stattfinden. Der bisherige, noch von der Gemeindevertretung eingesetzte hauptamtliche Bürgermeister Werner Reichhelm (SPD), trat nach sechs Jahren nicht wieder an. So sah es Berndt Newe wohl als selbstverständlich an, dass er sich als SPD-Kandidat bewirbt. Erfahrungen für das Amt hatte er als langjähriger Kommunalpolitiker und zuletzt als Bürgervorsteher genügend gesammelt. Er konnte sich aber gegen den damaligen Bauamtsleiter der Gemeindeverwaltung Flintbek, Horst-Dieter Lorenzen, der von der CDU und der freien Wählergemeinschaft unterstützt worden war, nicht durchsetzen.
In dem Zeitraum von Mitte der 1990-er bis Mitte der 2000-er Jahre veränderte sich Flintbek nicht mehr so stark. Zu den Veränderungen gehörten jetzt die Einweihung der AWO-Kindertagesstätte Storchennest (1998), die Fertigstellung des Wohngebietes Vogelstange (2000), Einweihung des Gebäudekomplexes Hörnpassage in Müllershörn und der neuen Sparkasse Kätnerskamp (2000), die Einweihung des neuen Hauses der Feuerwehr Großflintbek (2001), Fertigstellung des Teilneubaus der Schule am Eiderwald (2002), der Beschluss von Umweltzielen im Rahmen der Agenda 2010 und des Dorferneuerungsplanes (2003), der Aufbau einer Skateboard-Anlage auf dem Parkplatz An der Bahn (2004) und die Freigabe des Radweges von Kleinflintbek nach Kiel-Meimersdorf (2005).
Durch das deprimierende Kommunalwahlergebnis 2003 (in Flintbek von 42 % auf 26 %), das landesweit ähnlich ausfiel und auf die Agenda-Politik der SPD-geführten Bundesregierung zurückgeführt wurde, war die SPD in Flintbek nur noch zweitstärkste Fraktion und stellte nicht mehr den Bürgervorsteher.
Der SPD-Ortsverein Flintbek beteiligte die Flintbeker Bevölkerung an aktuellen Themen durch öffentliche Veranstaltungen, zumeist mit kompetenten SPD-Personen, z. B. 2001: „Entwicklung Flintbeks“ mit Flintbeker SPD-Fraktionsmitgliedern, „Wie gehen wir mit alltäglicher Gewalt um?“ mit Jutta Schümann (SPD-MdL), „Ist unsere Sicherheit bedroht?“ mit Staatssekretär Ulrich Lorenz (SPD), schl.-holst. Innenministerium, 2002 „Brauchen wir die Südspange Moorsee – Molfsee (B404/A21 – A215)?“, 2003 „Elternhaus – Kindergarten – Schule, Bildung in Flintbek“ mit Birgit Herdejürgen (SPD-MdL), „Schule in Flintbek, Betreute Grundschule, verlässliche Halbtagsschule“ und „Verwaltungsstrukturreform“ jeweils mit Jutta Schümann (SPD-MdL), 2004 „Gesundheitsreform“ mit Wolfgang Wodarg (SPD-MdB), „Offene Ganztagsschule“ mit Ute Erdsiek-Rave (SPD), Ministerin für Bildung, Wissenschaft, Forschung und Kultur des Landes Schleswig-Holstein.